La Ciutadella ibèrica de Calafell, des del punt de vista de la gestió, depèn de l'Organisme Autònom Municipal- Fundació Castell de Calafell, organisme que té sota la seva responsabilitat la gestió, divulgació i conservació dels elements patrimonials del municipi. Aquest organisme, com a màxim responsable, és el que exerceix, en última instància, el control tant dels projectes, com de la seva execució. Està presidit per l'alcalde de Calafell.
Des del punt de vista administratiu i funcional, la Ciutadella ibèrica és un equipament municipal adscrit a la Regidoria de Cultura.
El projecte de la Ciutadella ibèrica de Calafell està a càrrec de dos grups de recerca de la Universitat de Barcelona. El grup de recerca d'arqueologia clàssica, Protohistòrica i Egípcia i el grup de Didàctica del Patrimoni (DIDPATRI ).
El responsable científic de la Ciutadella per part del primer grup és el Dr. Joan Sanmartí, catedràtic d'arqueologia que ha centrat les recerques en l'estudi de la Protohistòria en la Mediterrània Occidental, particularment, en els processos socials i econòmics implicats en el desenvolupament dels estats ibèrics i de la seva dissolució en època romana i Republicana. Els responsable científics de la Ciutadella per part del segon grup són el Dr. Joan Santacana i Francesc Xavier Hernández del departament de Didàctica de les Ciències Socials de la mateixa universitat, especialitzats en museografia didàctica i autors de múltiples projectes d'intervenció patrimonial.
La Ciutadella de Calafell forma part, des de 2007, de la xarxa europea EXARC (European Exchange on Archaeological Research and Communication) que agrupa museus a l'aire lliure d'arqueologia que comparteixen la mateixa filosofia d'intervenció i els models propis de la museografia didàctica i de l'arqueologia experimental.
La Ciutadella ibèrica de Calafell forma part des dels seus inicis de la Ruta dels Ibers , impulsada pel Museu d'Arqueologia de Catalunya i que té com a funció, entre d'altres, estimular el turisme cultural en els jaciments d'època ibèrica.
La Ciutadella ibèrica de Calafell té una vinculació al mateix temps amb l'ICAC (l'Institut català d'arqueologia clàssica).
El dia a dia de la Ciutadella Ibèrica està format per un equip de deu persones que tenen al seu càrrec cuidar i mimar les escoles que ens visiten, des de la recepció, la visita fins el comiat. Aquest equip també té cura de la gestió, la conservació i la dinamització tan de la Ciutadella Ibèrica, com del Castell de la Santa Creu i la Casa Museu d'en Carlos Barral.
